Афины присоединились к независимому Королевству Греция в 1832 году. 28 августа 1834 года во время пышной церемонии в баварском стиле Парфенон официально провозгласили памятником античного наследия. Молодой король Оттон, уже в качестве главы государства, под звуки оркестра вошел в Парфенон, где с речью выступил Лео фон Кленце, провозгласив достопримечательности древнегреческого искусства наиболее важными символами молодого государства. Так в истории Парфенона началась эпоха археологии и реставрации.
В 1835 году баварский гарнизон покинул Афины, и Акрополь перешел под контроль новообразованной Греческой археологической службы. Через полвека на Акрополе не осталось ни одного следа «варварского присутствия». Сразу разрушили остатки турецкого поселения, включая минарет у Парфенона; снесли остатки ренессансного палаццо, римские скульптуры Акрополя, а также Франкскую башню.
К 1890 году раскопки настолько продвинулись, что достигли материнской породы холма. Поэтому на Афинском акрополе можно увидеть лишь то, что решили оставить археологи 19 века: несколько памятников 5 века до н. э. на фоне опустошения, почти полностью лишенные своей более поздней истории.